硝化作用是全球氮循环的重要环节, 而氨的氧化过程是整个氮循环过程的限速步骤 (Chen et al., 2014).长期以来, 氨氧化细菌 (Ammonia Oxidizing Bacteria, AOB) 一直被认为是氨氧化作用的重要贡献者 (Chu et al., 2007), 然而随着氨氧化古菌 (Ammonia Oxidizing Archaea, AOA) 从环境中被分离和鉴定出来 (Konneke et al., 2005), 自此不同研究者发现, 在海洋 (Jin et al., 2011)、原生态土壤、农业区土壤 (Sher et al., 2013)等环境中的氨氧化过程主要是由AOA完成.amoA (氨单加氧酶) 基因作为硝化过程第一步的关键酶编码基因 (Chu et al., 2007;Konneke et al., 2005), 具有较强的保守性, 因而常被作为研究氨氧化微生物的分子标记, 目前已被广泛用于生态系统中AOA和AOB的群落结构多样性和相对丰度的研究 (Cao et al., 2011).湿地是水陆相互作用形成的独特的生态系统, 在保持生物多样性、降解污染物、调节气候等方面具有重要的作用 (裴希超等, 2009).新疆艾比湖湿地国家自然保护区是国内最具代表性的温带干旱区湿地荒漠生态系统, 在维持区域生态平衡等方面有着十分重要的作用 (冷中笑等, 2006).艾比湖湿地的优势种群盐节木 (Halocnermum strobilaceum), 具有很强的耐盐能力 (Qu et al., 2008), 在盐渍生境中起着极其重要的建群作用.目前国内外有关艾比湖湿地氨氧化微生物的报道仅见于陈登稳等(2012)和王翠华等(2015) 研究的氨氧化细菌的数量和群落的多样性, 而对氨氧化古菌及利用实时荧光定量PCR检测氨氧化微生物丰度的报道还未见到.
本文选取新疆艾比湖湿地代表性植被盐节木根际与非根际的土样, 以amoA基因为分子标记, 应用基因克隆文库构建盐节木根际土壤的AOB和AOA文库, 采用Real Time PCR技术对氨氧化微生物和细菌、古菌的16S rDNA进行定量分析, 旨在揭示艾比湖湿地优势植物群落盐节木的根际土壤氨氧化微生物多样性和丰度, 以期探讨微生物群落在温带干旱区荒漠化并不断盐渍化的艾比湖湿地生态功能恢复过程中的潜在力量, 为湖泊湿地的退化恢复提供理论和数据基础.
2 材料和方法 (Materials and methods) 2.1 研究区概况艾比湖湿地自然保护区位于新疆维吾尔自治区境内, 是准噶尔盆地西部最低洼地和水盐的汇集中心.年均降水90.9 mm, 蒸发量高达3790 mm, 属典型的大陆性干旱气候 (任建丽等, 2011).艾比湖湿地位于我国著名的风口—阿拉山口主风通道上, 多风、大风、多沙尘暴天气是该地区的显著特点 (Wu et al., 2004), 其典型的植被群落有梭梭群落、芦苇群落、盐节木群落和盐角草群落等(杨军等, 2010).
2.2 样品采集、处理与保存于2015年7月28日, 对艾比湖湿地盐节木群落进行定点采样, 采样点基本情况见表 1.在盐节木群落区随机设置10 m×10 m的样方, 由于根际土壤的变异较大, 故每个样方采集5个点, 每个点选3株植株的根际土和对应的非根际土壤.将植株根系全部拔起后, 拍打整个根系使得疏松土块全部脱落, 利用灭菌的刷子收集紧附在根系表面的根际土壤.收集每个植株根际土的同时, 在样方内植株旁边的无根区域取表层5~20 cm的土壤作为相对的非根际土壤.过2 mm筛混匀样品, 去除根系、植物残体及其他杂质后分别装于无菌袋中并贴上标签.将上述新鲜土样分为3部分处理:①装入铝盒, 用于土壤含水量的测定;②自然风干, 研磨, 过筛, 用于土壤生物地球化学性质的测定;③-80 ℃冰箱保存, 用于土壤总DNA的提取.
土壤pH、含水量 (SM)、电导率 (EC)、有机质 (OM)、全氮 (TN)、速效氮 (AN)、硝态氮 (NO3--N)、铵态氮 (NH4+-N)、全磷 (TP)、速效磷 (AP)、全钾 (TK)和速效钾 (AK) 的分析测定采用土壤常规分析方法 (鲁如坤, 2000).
2.4 DNA的提取和普通PCR扩增采用PowerSoil DNA Isolation Kit (MoBio公司) 试剂盒提取样品的总DNA.用amoA基因的特异引物archaea-amoAF/archaea-amoAR和amoA-1F/amoA-2R (Jin et al., 2011) 扩增AOA和AOB.PCR产物经1%的琼脂糖凝胶检测, 用琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒进行切胶回收.
2.5 文库构建和酶切分型测序将回收到的PCR产物与PMD18-T载体连接, 转入DH5α大肠杆菌感受态细胞后, 进行蓝白斑筛选.将每个样品所有的白色单克隆子利用M13F/M13R (李露等, 2015) 引物进行阳性克隆鉴定.将鉴定为阳性的白斑克隆用含氨苄青霉素终浓度为100 μg·mL-1的LB培养基摇菌后, 制成含25%甘油的菌液, 放到96孔板中, 于-80 ℃保存.对阳性克隆的PCR扩增产物用Msp Ⅰ和Hae Ⅲ 2种限制性内切酶分型.每个酶切类型随机挑取1~5个代表菌株测序 (华大基因, 北京).
2.6 DNA定量PCR 2.6.1 绝对定量标准品的制备选取用M13F/M13R引物PCR扩增鉴定的阳性克隆, 提取质粒, 供qPCR反应的标准曲线使用.质粒的浓度经Thermo NANODROP 2000检测, amoA基因的拷贝数通过质粒的浓度进行计算 (Okano et al., 2004).按10倍浓度梯度稀释, 以10-4~10-10浓度梯度的标准质粒为模板进行荧光定量PCR扩增.设置阴性对照.
2.6.2 DNA的定量细菌、古菌、AOB和AOA的丰度采用SYBR Green Ⅰ方法测定.AOA和AOB的引物用amoA基因的特异引物 (同2.4节), 细菌16S rDNA引物为515F/927R (Ducey et al., 2011), 古菌16S rDNA的引物为ARC344F/ARC915R (Nakaya et al., 2009), 扩增仪为LightCycler480.设3个阴性对照确保试验数据的有效性, 每个样品平行3次, 以基线 (背景) 荧光信号标准差的10倍作为阈值, 扩增效率 > 80%, 溶解曲线为单一峰.
2.7 数据处理分析利用DOTUR软件以3%的差异度划分为一个独立操作单元 (Operational Taxonomic Unit, OUT), 将代表序列经BLAST比对, 使用MEGA 6软件以邻位相连法 (Neighbor-Joining) 构建系统发育树 (Tamura et al., 2007).测定的序列已提交至GenBank, 盐节木根际AOB的登录号为KP126525-KP126604, AOA的登录号为KX390379-KX390476.
qPCR反应数据采用罗氏LightCycler 480软件进行处理;利用DOTUR软件计算Shannon指数 (H)、Simpson指数、ACE和Chao1指数, 文库覆盖度C=1-n1/N, 其中, N为所分析的克隆总数, n1为仅有一个克隆的操作分类单位数;采用Origin软件绘制Rarefaction曲线.采用SPSS 20软件进行群落结构多样性和丰度与土壤环境因子的相关性分析.
3 结果和分析 (Results and analysis) 3.1 艾比湖湿地盐节木根际与非根际土壤的理化性质由表 2可知, 盐节木根际与非根际土壤的理化性质存在如下特征:均为碱性土壤;除含水量外, 根际土壤其他理化因子的值均高于非根际土壤;根际土壤氨态氮和硝态氮的含量明显高于非根际土壤.表明盐节木根际土壤的微环境在氮肥力水平上要优于非根际土壤;根际与非根际土壤的含水量均较低, 这可能与农耕而进行的长年的节流、年降水量稀少及夏季高的蒸发量有关, 使艾比湖湿地的含水量下降, 在夏季7月低于正常湿地水平.
通过文库覆盖度、丰富度、Chao1指数、ACE指数和Shannon-Wiener指数来评估AOA和AOB文库的多样性.由表 3可知, 盐节木根际土壤AOB文库的丰富度、Chao1指数、ACE指数、Shannon-Wiener指数均高于AOA文库, AOA和AOB的文库覆盖度分别达到99.67%和99.26%.结合图 1可知, 稀缺性曲线显示出各文库用于测序的克隆数量达到或接近饱和, 表明本研究所得的氨氧化微生物种群信息较好地代表了真实环境中氨氧化微生物的多样性.
利用DOTUR软件将AOB文库所得序列划分为9个OTU, 结果如图 2所示.由图 2可知, OTU-3和OTU-6为盐节木根际土壤中AOB的优势菌群, 占整个文库序列的41.25%和20%, 其他OUT所占的比例相对较少.系统发育树见图 3a, 所有序列归为3个簇, 盐节木根际土壤AOB的序列均属于Nitrosomonas属.其中, OTU-2、OTU-3、OTU-4、OTU-5与来自富营养化的乌梁素海湖的克隆子及沿海水产养殖沉积物、中原油田含油土壤、中国北部淡水湿地保护区的克隆子聚为一簇, 属于Nitrosomonas Oligotropha簇, 占所有序列的56.25%;Nitrosomonas Communis簇包括33.75%的序列 (OTU-6、OTU-7、OTU-8和OTU-9);OTU-1与来自多米尼加共和国的海洋河口沉积物及日本大叶藻区沙地中的克隆子聚为一簇, 属于Nitrosomonas sp.Nm143簇, 这一簇在盐节木根际土壤AOB文库中较少.
AOA的99条序列共划分为7个OTU, OTU-1和OTU-4分别占整个文库序列的21.21%和59.6%, 其中, OTU-4为土壤氨氧化古菌的最优菌群 (图 2).系统发育分析 (图 3b) 表明, 序列被划分为2个分支:海洋沉积物分支和土壤/水体沉积物分支.大约26.26%的序列 (OTU-1和OTU-2) 与海洋沉积物有较近的亲缘关系, 而大约73.73%的序列与来源于土壤或水体沉积物的AOA amoA基因序列聚为一簇.OTU-3与来源于土壤中的Nitrososphaera viennensis聚为一类, 而OTU-7与纯培养获得的Nitrososphaera属聚为一类, 可知11.11%的AOA amoA基因序列属于奇古菌门的Nitrososphaera系.其中, Nitrososphaera viennensis EN76、Candidatus Nitrososphaera gargensis、Candidatus Nitrosopumilus sp.、Nitrosopumilus maritimus SCM1近期均已被划入一个新的古菌类群—奇古菌门 (Thaumarchaeota)(张丽梅等, 2012), 表明艾比湖湿地盐节木根际土壤AOA均属于奇古菌门.
3.3 土壤AOA和AOB的丰度利用q-PCR技术对盐节木根际与非根际土壤中的AOB、AOA、细菌和古菌进行定量分析, 结果见图 4.根际土壤中AOA amoA和AOB amoA的数量分别为2.09×104和2.91×105 copies·g-1, AOB/AOA的比值为13.9, AOA占古菌丰度的比例为0.04%, AOB占细菌丰度的比例为0.06%;非根际土壤中AOA amoA和AOB amoA的数量分别为3.85×104和4.76×105 copies·g-1, AOB/AOA的比值为12.36, AOA占古菌丰度的比例为1.46%, AOB占细菌丰度的比例为1.93%.由此可见, 非根际土壤中AOA和AOB的丰度高于根际土壤;根际土壤中古菌和细菌的丰度均高于非根际土壤, 且盐节木土壤中AOB amoA的丰度高于AOA amoA的丰度.
相关性分析发现 (表 4), AOA群落结构中, 土壤含水量 (SM) 与Shannon指数和Chao1指数呈显著正相关, 而与ACE指数和Simpson指数呈显著负相关;土壤有机质含量 (OM) 与ACE指数和Chao1指数呈显著相关;TN含量与Shannon指数呈显著正相关, 而与Simpson指数呈显著负相关, 可知SM、OM、TN含量的变化可能影响AOA群落结构的变化.各理化因子中AN、NH4+-N、AK含量的变化是AOB群落结构变化的主要影响因素 (rAN=-0.999, p < 0.05;rNH4+-N =1, p < .01; rAK=-0.993, p < 0.05), 并与AOB群落多样性指数呈显著相关.
如表 5所示, 盐节木根际土壤中AOA和AOB的amoA基因数量分别与EC和TN呈显著负相关;细菌的丰度与TN呈显著负相关 (r=-0.996, p < 0.05);AOB/AOA的比值与OM呈显著负相关, 与NO3--N呈显著正相关.盐节木非根际土壤中AOA amoA基因数量与TN呈显著正相关 (r=1, p < 0.01), 与TP呈显著负相关, AOB amoA基因数量与NH4+-N呈显著正相关;AOB/AOA的比值与OM、NO3--N呈显著负相关, 与TK呈显著正相关.
氨氧化古菌的发现改变了人们对传统氮循环中氨氧化过程完全由AOB推动的认识.本文利用构建amoA基因克隆文库检测到AOA和AOB的存在, 进一步验证了氨氧化微生物在环境中分布广泛.盐节木根际土壤中AOB的种类数多于AOA, q-PCR结果显示, 根际和非根际土壤中AOB的丰度均高于AOA丰度.由此可见, AOB可能是艾比湖湿地盐节木根际和非根际土壤氨氧化过程的主导微生物.这与已有的很多研究结果相反, 已有的研究表明, 在很多环境中AOA的群落特征和功能作用均优于AOB, 且AOA的多样性具有明显的环境来源特性, 是驱动氨氧化过程的主要微生物, 如Herrmann等(2008) 对淡水植物Littorella uniflora根系土壤的研究发现, 古菌与细菌的amoA拷贝数比例在500~8000倍之间;Alves等(2013) 在北极11个土壤样品中的5个样品中只能检测到氨氧化古菌, 另外4个样品中古菌amoA基因数比细菌的高.但也存在与本文研究结果一致的例子, 在河流沉积物 (Sun et al., 2013) 及氨氮污染严重的湿地 (潮滩)(Zheng et al., 2013) 中AOB的群落丰度更具优势.
4.2 氨氧化微生物群落结构多样性和丰度与环境因子的相关性分析土壤理化结果显示, 盐节木根际与非根际土壤的理化性质存在差异, 即根际土壤的含水量明显低于非根际土壤, 而其他理化因子的含量均高于非根际土壤.这可能与盐节木植物养分的吸收、根系分泌物释放及根际微生物代谢活动等多过程同时发生有关 (Neumann et al., 2002).除此之外, 孔令韶等(1995) 指出, 盐节木适应于盐碱、干旱的土壤, 这些因素使得根际微环境显著不同于周围土壤.根际丰富的有机质矿化后将为微生物提供各种不同的代谢底物, 刺激着各种微生物的生长 (Chen et al., 2008), 也正是这样一个特殊的环境使得根际土壤中古菌和细菌的丰度分别是非根际土壤的19.507和19.512倍 (图 4).大量研究表明, 根际效应对土壤微生物活性产生强烈的影响, 包括氮循环等微生物学过程 (Kirk et al., 2005; Herman et al., 2006), 硝化作用的根际正效应在一些研究中得到证实 (Chen et al., 2008);另一方面, 也存在一些潜在的根际硝化抑制剂可轻微抑制根际微生物硝化活性 (Subbarao et al., 2007; White, 1994);在本研究中非根际土壤中的氨氧化微生物丰度高于根际土壤, 证实了根际分泌物或根际微生物中有可能存在抑制硝化作用的物质或微生物.
AOA、AOB的群落特征受多种环境因子影响, NH4+-N是影响氨氧化微生物群落结构的主要因子.本文中NH4+-N与AOB的多样性指数呈显著正相关, 表明高NH4+-N适宜AOB生长.已知在低氨氮环境中AOA群落的生长比AOB显著 (Erguder et al., 2009), 由于艾比湖湿地上游农田农药化肥施用量的不断增加, 其残留物注入艾比湖, 氨氮的含量明显增加 (Wu et al., 2004), 故其高浓度的NH4+-N环境更适宜AOB的生长, 这与AOA对低氨氮具有更强的耐受力的观点一致, 且本研究中的氨氧化细菌均为Nitrosomonas, 未发现Nitrosospira的群落出现.Purkhood等(2003) 研究发现, 亚硝化螺菌属主要出现在低铵的环境中, 样地中氨浓度较高, 证实了Purkhood的观点.pH值会也影响氨氧化微生物群落特征, 已有研究表明, 在酸性土壤中AOA的丰度高于AOB (Chen et al., 2011).艾比湖湿地土壤属于碱性土壤, 其与氨氧化微生物的群落结构和丰度没有显著的响应关系, 可能与盐节木根际分泌物所形成的复杂的微环境有关 (Chaparro et al., 2014).除NH4+-N浓度、pH值外, 盐浓度也是影响氨氧化微生物群落结构的主要因子.Mosier等(2012) 指出, 低盐环境可以富集AOA, 而Zhang等(2015) 指出, 较高或者中等的盐浓度更加适宜AOA的生长, AOB对盐浓度的变化不是很敏感, 且适宜在低盐环境下生长.艾比湖由于近年来湖水量的减少, 故盐分升高 (冷中笑等, 2006; Qu et al., 2008; Wu et al., 2004).相关分析表明, AOA的数量与盐浓度呈显著负相关, 即高盐浓度抑制AOA的生长.过量的NH4+-N含量、中性偏碱性的pH值条件结合高盐含量, 以及其他环境因子, 决定了艾比湖湿地盐节木根际和非根际土壤的氨氧化微生物AOB的丰度优势.
5 结论 (Conclusions)1) 艾比湖湿地盐节木根际土壤的AOB群落多样性高于AOA.
2) 系统发育树表明, AOB序列均属于β-Proteobacteria中的Nitrosomonas, 而AOA主要属于土壤/水体沉积物分支类群, 且属于奇古菌门Group Ⅰ.1b分支.
3) 丰度分析结果显示, 根际和非根际土壤中AOB的丰度均高于AOA, 细菌的丰度高于古菌, 且AOA/古菌和AOB/细菌的比值很小, 表明在艾比湖湿地AOB是氨氧化微生物的优势种群.相关分析表明, 氨氧化微生物的群落结构和丰度与EC、OM、AN、NH4+-N和TN等环境因子显著相关.
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